בית הכנסת משכן יאיר בבאר יעקב, בהנהגת כבוד הרב שמואל בן דוד שליט"א, מהווה מקום תפילה קהילתי מרכזי בעיר, המציע מגוון שירותים דתיים וקהילתיים לתושבי המקום. הבית כנסת שואף להוות מוקד רוחני שמחבר את חברי הקהילה לערכים היהודיים, תוך שמירה על אווירה חמה ומשפחתית. תפילות יומיות ושבתות בבית הכנסת מתקיימות תפילות יומיומיות (שחרית, מנחה וערבית), ושירותי תפילה בשבתות ובחגי ישראל, כולל קריאה בתורה שיעורי תורה ולימוד במקום מתקיימים שיעורים תורניים למבוגרים ולילדים, הכוללים לימוד פרשת השבוע, הלכה, ותנ"ך. יש דגש על חינוך רוחני מעמיק לדור הצעיר. בר מצוות בית הכנסת מציע תפילות בר מצווה , תוך שמירה על מסורת יהודית מקורית. תפילות מיוחדות בבית הכנסת מתקיימות תפילות מיוחדות בימים נבחרים, כגון תפילות ליל סליחות, ימים נוראים (ראש השנה ויום כיפור), ותפילות לעילוי נשמות. שירותים קהילתיים וסיוע לנזקקים בית הכנסת פועל רבות במתן סיוע לנזקקים בקהילה. פעילויות כמו חלוקת מזון בחגים וסיוע כלכלי למשפחות במצוקה נועדו להבטיח שלכולן תהיה תמיכה רוחנית וכלכלית תמיכה רוחנית ועצות המקום משמש ככתובת להתייעצות רוחנית, עם מענה לשאלות הלכתיות פעילויות לילדים קיימת פעילות רבה לילדים, כמו חוגי תפילה, לימוד תורה, והפעלות, במטרה לטפח דור צעיר שמתחנך על ערכים יהודיים אירועים קהילתיים בית הכנסת מארגן אירועים קהילתיים כגון סעודות שבת חגיגיות, ימי עיון, ופעילויות משפחתיות בחגי ישראל אווירה קהילתית בית הכנסת משכן יאיר שואף להיות מקום שמחבר את הקהילה היהודית המקומית עם שורשיה הרוחניים. כל חבר בקהילה יכול למצוא מקום להתפלל, ללמוד ולהרגיש שייך. האווירה בבית הכנסת מקדמת קשרים הדוקים בין חברי הקהילה, תוך שמירה על כבוד הדדי ועל אווירה של עשייה רוחנית מתמשכת הקהילה בבית הכנסת נהנית מאווירה תומכת, שבה כל אחד מרגיש חלק מהמשפחה הגדולה של משכן יאיר